若小儿肠套叠发现的早且症状较轻，通常可以选择气灌肠或水灌肠保守治疗。这两个方法各有利弊，如水灌肠的辐射性小，但是不易复位。因此，早期的一般多采取气灌肠治疗比较多。若肠套叠发生的晚，孩子出现明显的肠套叠、肠坏死、出现血样大便等情况，这时气灌肠和水灌肠方案就不行，需要采取手术治疗。手术治疗有微创和开腹两种选择，多数肠套叠会选择微创治疗，多肠套叠的范围较大，可能需要开腹。