脑炎症状相对较轻，恢复较快的孩子一般不会留有后遗症。部分孩子可能出现耐药菌的感染，抗生素的治疗效果并没有那么好，有可能会留有后遗症。常见后遗症有硬膜下积液或者脑积水等，持续时间相对较长。部分孩子早期抽搐发作频繁，后期可能会遗留癫痫；还有一种情况是早期意识障碍，深度昏迷，恢复时相对较慢或不能恢复，还可能出现偏瘫。所以症状较重或治疗效果不佳，后遗症可能性较大。