宝宝发烧39度喉咙起泡的主要原因可能是因为手足口病导致的一种症状。当宝宝是手足口病的时候一定要及时的带宝宝去医院就诊治疗，同时手足口病属于传染性疾病所以需要做好隔离措施。治疗手足口病一般建议宝宝口服维生素C、B以及采用利巴韦林喷剂来喷涂，同时还需要做好物理降温方式或者是口服退烧药物来帮助降温，另外一定要给宝宝多喂水以免宝宝高热出现脱水。