三个月宝宝大便有血点的原因可能为：一、母亲乳头处的血液导致。产妇的乳头是较为脆弱的组织，孩子可能在吃奶的过程中，弄破了母亲的乳头，血液和奶水一起喝进了孩子的肚子里，因此在排便时，有一定的红血点，这种情况患者不必过于忧心。二、肠道的损伤。孩子不合理的饮食方式可能会导致孩子的肠道出现损伤，最终出血的情况。