40天婴儿睡觉起来眼睛肿有的是病理性，有的是生理性引起，对于不同的病因采取对应的治疗，不清楚情况要去医院检查。有些时过敏性的眼睛肿，这种情况要避免过敏原。还有些是上火引起的，这种情况要多喝水。另外有些是睡觉之前过多的喝水以及睡觉枕头太低引起的，一般醒来以后白天就会恢复正常，可以调整枕头高度以及注意睡觉前少喝水，情况就会好转，没有好转需要注意是急性肾小球肾炎，可以对尿常规进行检查。