通常情况下，三个月宝宝每天早上5点多哭闹考虑是生理因素导致的，也有可能是缺钙、胃肠功能紊乱等原因造成的。需要通过改善生活方式、服用药物等方法进行改善。

1、生理因素：如果室内温度比较高或偏低，或者是肚子出现了饥饿的情况，会引起宝宝突然大哭，可以将室内温度调到适宜状态， 还可以通过及时喂奶等方式缓解。

2、缺钙：通常与摄入不足、流失过多等因素有关，会导致大脑神经处于兴奋状态，导致宝宝难以入睡，还会伴随着容易出汗、情绪不稳定，需要在医生的指导下服用碳酸钙D3颗粒、葡萄糖酸钙口服溶液、醋酸钙颗粒等药物治疗。

3、胃肠功能紊乱：大多与饮食不规律、腹部受凉等因素有关，会导致患者出现腹部疼痛、腹泻等症状，因为身体不舒服的原因会导致宝宝哭闹不止，可以在医生的指导下服用婴儿健脾颗粒、保儿安颗粒、枯草杆菌二联活菌颗粒等药物进行治疗。

除了以上常见原因以外，还有可能是眼部炎症等原因造成的，如果情况比较严重，需要及时去医院进行检查，然后选择合适的方式治疗。