3岁宝宝脸上长痘痘主要与饮食、内分泌失调、病菌感染等因素有关，具体可见以下内容：

1、饮食：如果家长经常给宝宝食用高脂肪的食物，就容易导致皮肤毛孔分泌的油脂过多形成脂肪粒，此时应减少高脂肪食物的摄入，同时可以使用维生素E软膏进行擦拭。

2、内分泌失调：如果此时宝宝的作息时间不正常，就容易引起内分泌的失调导致脸上长痘痘，要注意保证孩子合理作息，规律生活。

3、病菌感染：3岁宝宝的身体还是比较脆弱的，免疫力比较低下，如果平时家长没注意宝宝面部的清洁，毛孔就容易发生堵塞，受到病菌的感染后出现长痘；建议平时家长要注重宝宝的面部清洁卫生。