通常情况下，宝宝出生时腋下有个黑斑可能是黑色素沉着、花斑糠疹、黑色棘皮病等原因导致的，可以通过药物进行治疗，具体如下：

1、黑色素沉着：主要是黑色素细胞产生黑色素过多导致，黑色素在皮肤表皮沉积，可能会形成黑斑。可在医生指导下使用维生素E乳、积雪苷霜软膏等药物进行治疗。

2、花斑糠疹：是一种由浅表真菌感染而导致的皮肤疾病，病变多发生在腋窝等皮脂腺分泌旺盛的部位，可能表现为深色斑疹，伴有轻微瘙痒感。可在医生指导下使用酮康唑洗剂、硝酸咪康唑软膏等药物进行缓解。

3、黑色棘皮病：该病主要与遗传相关，多表现为腋下、颈部等处皮肤粗糙，呈天鹅绒样黑斑。可在医生指导下使用卡泊三醇软膏、水杨酸软膏等药物改善症状。

除以上常见原因外，还有可能是咖啡斑等原因引起的，建议家长及时带宝宝前往医院进行相关检查，明确病因后采取相应措施。