新生儿呼吸窘迫综合征是非常急性的新生儿疾病，严重的会引起生命的威胁，在治疗过程中会出现一些并发症，大部分的并发症多发生在氧气治疗过程中或是在治疗后的恢复期。一，气漏，由于肺泡壁的损伤气体溢至肺间质，或者由于机械通气时吸气峰压或平均气道压过高引起间质性的肺气肿，气体沿血管至纵隔引起纵隔的气肿，间质气肿也可以引起气胸，气漏时呼吸更为困难。二，氧中毒，当吸入氧浓度过高或者供氧的时间过长可能发生氧中毒，以支气管肺发育不良和眼晶体后纤维增生最常见，前者为肺本身的病变使呼吸机不易撤除，后者表现为晶体后视网膜增生，或者视网膜剥离使视力减退甚至失明。三，恢复期的动脉导管开放，新生儿的呼吸窘迫综合征经机械呼吸和供氧治疗后，在恢复期约30%的病例出现动脉导管未闭，早产儿动脉导管的组织未成熟，不能自发关闭。在新生儿呼吸窘迫综合征的早期肺血管阻力增加，不但不发生左向右分流，有时甚至相反的发生右向左分流，至恢复期肺血管阻力下降，即可出现左向右分流，此时因肺动脉血流增加而导致肺水肿，出现间歇性的呼吸暂停和充血性的心力衰竭，甚至危及生命。在心前区，胸骨左缘可听到收缩期杂音，以第二、三肋间最响，如肺血管阻力下降幅度大，甚至可出现连续性的杂音，胸部的X线片显示心脏影扩大，肺野充血，B型超声心动图可直接，探得未闭的动脉导管，所以在新生儿呼吸窘迫综合征治疗过程中会有一些的并发症，但是临床的专业医生会尽量的避免，有时也是为了治疗而不得已为之。